2025年10月22日水曜日

R 二項分布

R のpbinom() 関数を使うと確率質量関数の総和を計算することができます.例えば,下式の計算をしたい場合には

以下のようにします.

> pbinom(0, 100, 0.00720, lower.tail=FALSE)

[1] 0.5145138


引数kよりも大きい値における総和を求めたい場合は,lower.tail を FALSE に設定します.k 以下の値における総和を求めたい場合は,lower.tailをTRUE に設定します(または省略でも可).

2番目の引数は二項分布におけるパラメータ n

3番目の引数は観察される確率,二項分布におけるパラメータ p


2025年10月21日火曜日

R 二項係数

 R でn個のものの中からk個を選ぶ方法が何通りあるか?すなわち,二項係数を計算するには

> choose(n, k)

のように choose() 関数を使います.
例として,3個から2個を選ぶ組み合わせを求めるには

> choose(3, 2)

[1] 3

となり,3通りであることを求めることができます.


2025年10月20日月曜日

R Stan のインストール

R Stanをインストールした際のメモです.

 Rでrstanパッケージをインストールするために,R環境(R,RStudio,ESSなど)で次のように打ち込む.

install.packages("rstan")

これでインストールは終わり.

あとは,次のようにしてRに読み込む.

library(rstan)

この後で,一般には次のような設定をすることが推奨されています.

rstan_options(auto_write=TRUE)             # コンパイルした結果を保存する
options(mc.cores=parallel::detectCores())  # 複数コアを使う(メモリが十分にある場合)

2025年6月3日火曜日

Amazonで購入したAdobe製品のオンラインコード版の引き換えコードを有効にする際のメモ

   Adobe Creative Cloud フォトプラン(Photoshop + Lightroom)+ Illustratorセットのオンラインコード 版を購入したのですが,コードを有効にすることに手間取ったので,その際のメモです.

注文履歴から「ライブラリに移動する」をクリックして,引き換えコードをメモします(当然,スクリーンショットでも良いですし,そのまま開きっぱなしでもOKです).

Creative CloudサイトにAdobe IDでログインして, サブスクリプションのコード引き換えページで(メモしておいた)引き換えコードを入力します.
お支払方法の登録は「後で知らせる」をクリックして,次のページで「今すぐ開始」をクリックします.
少し時間が経過すると,IllustratorとPhotoShopがダウンロードできるようになっているはずです.

2025年4月26日土曜日

M1マックにmacOS(Sequoia)をクリーンインストールした際のメモ

 M1マックにmacOS(Sequoia)をクリーンインストールした際のメモです.参考になるAppleの公式ページはこちら


Apple Silicon 搭載マックでは,以前のように再起動時に "command⌘ + R" を長押しするのではなく,再起動時に電源ボタンを長押しするとディスクユーティリティが起動します.

ユーティリティの一覧が表示されたら「ディスクユーティリティ」を選択して「続ける」をクリックします.

ディスクユーティリティのサイドバーの「内蔵」セクションで「Macintosh HD」という名前のボリュームが表示されていることを確認して,サイドバーで「Macintosh HD」を選択します.

ツールバーの「消去」ボタンをクリックして,名前(Macintosh HD)とフォーマット(APFS)を指定します(ここは設定を変更せずにそのままとしました).

「消去」をクリックします。「ボリュームグループを消去」が代わりに表示される場合は、このボタンをクリックします.

ハードディスクの内容が消去されたあとは,購入時のOSをインストールすることになるので,それを選択して,終了後に最新のOS(今回は Sequoia )にアップグレードしました.

OS (Sequoia) のクリーンインストール後にインストールしたアプリケーションは,以下です.

これらのアプリケーションのうち,Homebrew経由でインストールしたものに関して,以下にメモを残します.

まずは,Homebrewのインストールですが,公式サイトにあるように以下のターミナルからコマンドを実行します.

% /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

この後に,以下のようにPathを通すと"brew"コマンドが使用できるようになります.以下の例はPathを通した後に,Homebrewのバージョンを確認した例です.

% echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"' >> /Users/(username)/.zprofile

% eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"

% brew -v

Homebrew 4.4.32

上記の1行目のコマンドの (username) にはアカウントのユーザー名が入ります.

gnuplot のインストール

% brew install gnuplot


Julia のインストール

ターミナルから以下のコマンドを実行します.

% brew install --cask julia

インストールが終了したら,パッケージモード("]"キーを押す)に切り替えて,以下のパッケージをインストールしておきます.

(@v1.11) pkg> add IJulia

(@v1.11) pkg> add CSV

(@v1.11) pkg> add Combinatorics

(@v1.11) pkg> add DataFrames

(@v1.11) pkg> add Distributions

(@v1.11) pkg> add JuMP

(@v1.11) pkg> add Plots

(@v1.11) pkg> add PyCall

(@v1.11) pkg> add PyPlot

(@v1.11) pkg> add RDatasets

(@v1.11) pkg> add StatsBase

(@v1.11) pkg> add StatsPlots

(@v1.11) pkg> add SumOfSquares

(@v1.11) pkg> add Statistics

(@v1.11) pkg> add Gadfly

(@v1.11) pkg> add LinearAlgebra

(@v1.11) pkg> add Optim

インストールされているパッケージを確認するには"status"コマンドを使用します.

(@v1.11) pkg> status

Jupyter Notebookのインストール

j% brew install jupyter

インストールが完了したら,以下のコマンドでJupyter Notebookを立ち上げてみます.

% jupyter notebook

先述の「Juliaのインストール」のところで示した"IJulia"パッケージがインストールされているとJupyter Notebook の右上の"New"ボタンを押すと,以下のようにJuliaが選択できるようになっているはずです.

Octave のインストール

Command Line Toolsがインストールされているとは知りつつも,一応確認しておきます.

% sudo xcode-select --install

Password:

xcode-select: note: Command line tools are already installed. Use "Software Update" in System Settings or the softwareupdate command line interface to install updates

最新版をインストールしたばかりなのですが,一応確認しておきます.

% brew update

==> Updating Homebrew...

Already up-to-date.

これまた同様に,一応確認です.

% brew upgrade

続いて Octave のインストールを行います.

% brew install octave

ズラズラとインストールが始まり,終了したら,Ocrave を立ち上げてみます.

% octave --gui


今回のインストールでは,以前の投稿で生じたエラー(.config フォルダ内に octave フォルダが存在しないという内容)は出ませんでした.

R のインストール

今回は,インストーラーパッケージを使用してインストールしました.Homebrew経由でインストールするには,以下のコマンドを実行します.

% brew install --cask r

XQuartzのインストールは,以下のコマンドを実行します(いまだにXQuartzが必要なのかどうかはわかりませんが...).

% brew install --cask xquartz                           

R Studio のインストールは,以下のコマンドを実行します.

% brew install --cask rstudio                           


TeX Shop のインストール

ターミナルから以下のコマンドを実行します.

% brew install --cask mactex

ちなみに,GUIが不要な場合は以下のコマンドを実行します.

% brew install --cask mactex mactex-no-gui

インストールが終了したら,GUIの要,不要に関わらず,パスを確認しておきます.以下のコマンドを実行して,/Library/TeX/texbin が含まれていることを確認します.

% echo $PATH

/Library/TeX/texbin

パスなので,色々と書かれていますが,/Library/TeX/texbin が書かれていれば,大丈夫です.
含まれていない場合は,以下のコマンドを実行してパスを追加します.

% echo 'export PATH="/Library/TeX/texbin:$PATH"' >> ~/.zshrcsource ~/.zshrc



2025年4月23日水曜日

MacにOctaveをインストール

MacBookAirにOctaveをインストールした際のメモです.最近はあまり使っていなかったので,インストールしなくても良いかなと思っていたのですが,なんだかんだで入れておくことにしました.

まずは,Command Line Tools をインストールします.以下のコマンドを実行すると,パスワードを聞いてくるので入力して Returnキーを押します.

% sudo xcode-select --install

Password:

すでにインストールされている場合は,以下のようなコメントが返ってきます.

xcode-select: note: Command line tools are already installed. Use "Software Update" in System Settings or the softwareupdate command line interface to install updates

続いて,Homebrew経由でインストールを行います.インストールの前に,まずはHomebrew自体のアップデートを行います.

% brew update

続いて,Homebrew自体のアップグレードを行います.

% brew upgrade

Homebrewのアップデートやアップグレードをたまにやっていないと,結構な時間がかかります....
最後に Octave をインストールします.

% brew install octave

インストールが完了した後に,以下のコマンドを実行すると立ち上がるはず

% octave --gui

と思っていたのですが,エラーが出てしまいました.ただし,このエラーは別のMacでは発生せずにすんなり立ち上がったので,エラーが出る場合とそうでない場合があるようです.

エラー内容は,
    ユーザー名/.config/octave
が存在しないというものでした.最初にOctaveを立ち上げた時に.configフォルダの中にoctaveフォルダを作成するという以下のようなアナウンスが出ていたのですが,それがうまく実行されていないようです.
仕方がないので,.configフォルダ内にoctaveフォルダを作成してみます.
.configフォルダは隠しフォルダなので,Home(ユーザー名のフォルダ)を開いて,隠しフォルダやファイルが表示されるように
    [Command] + [Shift] + [.]
のショートカットを実行します.なお [.] はドットです.すると,隠しフォルダ,ファイルが表示されるので,.configフォルダを開いて,その中にoctaveというフォルダを作成します.そして,再度

% octave --gui

を実行したところ,Octace のGUI画面が立ち上がりました.
私の場合は,隠しフォルダやファイルを触ることはほぼないので,ユーザー名フォルダ(別に他のフォルダでも良い)を開いた状態で,再度
    [Command] + [Shift] + [.]
のショートカットキーを実行して,隠しファイルやフォルダが見えない設定に戻しました.

ショートカットキーではなく,ターミナルから隠しフォルダ,ファイルを見るようにするには,以下のコマンドを実行します.

% defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUE

% killall Finder



2025年2月12日水曜日

macOS Sequoia にアップデートした際のメモ

 macOS を Sequoia にアップデートしたのでその際のメモです.

インストールしたのは以下のアプリ

AppCleaner 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Pages
Numbers
Keynote
TeX 〜Homebrew経由でインストール
Visual Studio Code 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Zoom 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Teams 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Homebrew 〜公式ページにあるコマンドを実行してインストール 以下に注意点 1.〜
gnuplot 〜Homebrew経由でインストール 以下に注意点 2.〜

Jupyter 〜Homebrew経由でインストール
Julia 〜Homebrew経由でインストール
RStudio 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Evernote 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Adobe Creative Cloud 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
iMovie
mi 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
PrimeVideo 〜App Storeからインストール〜
Discord 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
LINE 〜App Storeからインストール〜
Messenger 〜App Storeからインストール〜

昔はもっと色々とインストールしていましたが,もう,このくらいでいいや...という感じにしてみました.以下の「つまづいた箇所・変更した箇所」以外は,macOS Big Sur をインストールした際と同じ感じでいけました.

つまづいた箇所・変更した箇所
注意点 1. Homebrew
公式ページからインストールのコマンドをコピーして実行して,インストールが終了したのちに,以下のように"brew"コマンドを受け付けてくれないというトラブルが発生しました.

% brew --version

zsh: command not found: brew

そこで,パスを通すために,ターミナルから以下のコマンド

% (echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/user/.zprofile

を実行したら,brew コマンドを受け付けてくれるようになりました.なお,上記のコマンドの"user"にはログインしているユーザー名が入ります.brew コマンドを受け付けてくれるようになった様子は以下のような感じです.

% brew update

==> Updating Homebrew...

Already up-to-date.

% brew --version

Homebrew 4.4.20


Julia
公式ページには,以下のコマンドを実行するようにとあります.

% curl -fsSL https://install.julialang.org | sh

しかし,Homebrew経由で以下のコマンドを実行することでインストールしました.

% brew install --cask julia

以下のコマンド実行は必要ないかもしれないのですが,一応,実行しておきます.

% sudo xcodebuild -license accept

Password:

xcode-select: error: tool 'xcodebuild' requires Xcode, but active developer directory '/Library/Developer/CommandLineTools' is a command line tools instance

ターミナルから julia と実行すると,無事立ち上がりました.

% julia

               _

   _       _ _(_)_     |  Documentation: https://docs.julialang.org

  (_)     | (_) (_)    |

   _ _   _| |_  __ _   |  Type "?" for help, "]?" for Pkg help.

  | | | | | | |/ _` |  |

  | | |_| | | | (_| |  |  Version 1.11.3 (2025-01-21)

 _/ |\__'_|_|_|\__'_|  |  Official https://julialang.org/ release

|__/                   |


julia> 

続いてJupyter Notebook環境に接続していきます.以下のコマンドを実行します.

julia> using IJulia

julia> notebook()

初回は,y/n で聞いてきますが,y と答えればOKです.インストールが完了すると,Jupyter Noteboookが起動します.これ以降は,Juliaを立ち上げた後に上記の二つのコマンドを実行すればJupyter Notebookが立ち上がります.