Memorandum: [Julia] バイオリンプロットを描く

2019年5月25日土曜日

前回はCSVファイルを読み込む際のメモを投稿しましたが，CSVファイルで読み込んだデータからバイオリンプロットを描いてみた際のメモです．

まずはCSVパッケージを読み込みます．

julia> using CSV

続いてCSVデータを読み込みます．読み込むデータは 3-3-2-fish_multi.csv*というcsvファイルです．

julia> fish_multi = CSV.read("3-3-2-fish_multi_2.csv", header = true, delim = ',')

20×2 DataFrames.DataFrame

│ Row │ species │ length │

│     │ String  │ Int64  │

├─────┼─────────┼────────┤

│ 1   │ A       │ 2      │

│ 2   │ A       │ 3      │

│ 3   │ A       │ 3      │

│ 4   │ A       │ 4      │

│ 5   │ A       │ 4      │

│ 6   │ A       │ 4      │

│ 7   │ A       │ 4      │

│ 8   │ A       │ 5      │

│ 9   │ A       │ 5      │

│ 10  │ A       │ 6      │

│ 11  │ B       │ 5      │

│ 12  │ B       │ 6      │

│ 13  │ B       │ 6      │

│ 14  │ B       │ 7      │

│ 15  │ B       │ 7      │

│ 16  │ B       │ 7      │

│ 17  │ B       │ 7      │

│ 18  │ B       │ 8      │

│ 19  │ B       │ 8      │

│ 20  │ B       │ 9      │

続いて，描画のためのライブラリを読み込みます．

julia> using PyCall, PyPlot, DataFrames

julia> sns = pyimport("seaborn")

julia> pd  = pyimport("pandas")

データをPandasのDataFrameに渡します．

julia> fish_multi_Pd = pd.DataFrame( 

           Dict(

               "species" => fish_multi.species, 

               "length"  => fish_multi.length 

)

);

Seabornを使って描画します．

julia> sns.violinplot(x = "species", y = "length",

                             data = fish_multi_Pd, color = "gray")

上記の事柄をJupyter Notebookで実行した結果はこちら（GiHub）で見ることができます．また，同じことをPythonで実行した結果はこちら（Github）で見ることができます．

* 3-3-2-fish_multi.csv の中身

species,length

A,2

A,3

A,4

A,5

A,6

B,5

B,6

B,7

B,8

B,9

Memorandum