gnuplotで副軸(第二軸)を使用する方法です.
スクリプトに以下のように記載します.
set ytics nomirror # 第一y軸の目盛は左側のみにする
set y2tics # 第二y軸を描画することを指定する
set grid # 目盛線を描画することを指定
set xlabel "xxx" # x軸の見出しを指定(例では"xxx")
set ylabel "yyy" # 第一y軸の見出しを指定(例では"yyy")
set y2label "zzz" # 第二y軸の見出しを指定(例では"zzz")
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