macOS (Ventura 13.6.4)のクリーンインストール

 macOS (Ventura 13.6.4)をクリーンインストールした際のメモです．

Intel MacはCommand⌘+R+電源ボタンを押して再起動してからでィスクユーティリティを使ってクリーンインストールをしましたが，シリコン Mac（M1 mac mini）は以下の手順でクリーンインストールしました．Intel Macと同じようにディスクユーティリティを使ってディスクの消去を行うと，立ち上がらなくなるという情報がネットで見受けられますが，真偽のほどは不明です．

まずは，電源ボタンを押し続けて，Optionが表示されたら，電源ボタンから手を離します．

• Option選択
• 管理者ユーザーが表示されたらApple IDでログイン（パスワード入力）
• 復旧ユーティリティ画面が表示されるが，画面上のメニューバーからターミナルを選択して立ち上げ，以下のように"resetpassword"と入力してreturn．

-bash-3.2# resetpasswod     

• Reset Password という画面が立ち上がり，メニューバーに"Recovery Assistant"という項目が表示される．
• Recovery Assistantから"Erase Mac..."を選択して，画面に表示されている"Erase Mac..."（青字）をクリックします．本当に消去しても良いかと聞いてくるので，再度"Erase Mac"をクリックします．
• 言語選択，ネット接続を行った後に，アクティベーションロック解除のためにApple IDでログインします．
• 上記の事柄が終了すると，OSの再インストールに移ります．今回は"Reinstall macOS Ventura"を選択すると再インストールが始まります．
• 
  

インストールしたアプリケーションは以下の通りです．今回は，Octave，Julia等のインストールは保留にしました（多分，そのうちインストールするとは思いますが...）．

• Anaconda
• Microsoft Visual Srudio Code
• Evernote
• Microsoft Excel
• Adobe Acrobat
• gnuplot
• Jupyter Notebook, Lab.
• Homebrew
• Adobe Illustrator
• iMovie
• LaTeXiT
• LINE
• Messenger
• mi
• Python のモジュール追加
• QGIS
• Adobe Photoshop
• Microsoft Power Point 
• R Studio
• Microsoft Teams
• TeXShop
• Microsoft Word
• Zoom

Homebrewのインストールの際には，PATHを通さなければなりません．インストールが完了すると，Next steps ということで以下のように記載されています．

==> Next steps:

- Run these two commands in your terminal to add Homebrew to your PATH:

    (echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/hidehikomurao/.zprofile

    eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"

環境によってPATHは異なるようですが，ここでは、上記の記載に従って以下の2つコマンド実行でパスを通しました．

% (echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/hidehikomurao/.zprofile 

% eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"

Jupyter環境の設定で躓いたので，その際のメモです．

これまでは，pip3を使って，以下のコマンドでインストールしていました．

% pip3 install Jupyter     

今回も，同じようにインストールして，以下のコマンドで起動しようとしたところ...

% jupyter notebook        

Jupyterが見つからないという返答が返ってきます．当然，以下のようにバージョンを聞いてもダメです...

% jupyter --version      

おそらく，パスが通っていないという問題なのだろうかと思いつつも，bashなどは苦手なので...Homebrewでインストールしてみることにしました．

% brew install jupyterlab        

サクサクとインストールが進みます．

インストールが終わったので，立ち上げてみます．

% jupyter lab                    

ちゃんと立ち上がりました...．

GCCも入れておきます．

~ % brew install gcc

なお，Rも使えるようにするには，HomebrewでRをインストールして

% brew install r --cask

Rを立ち上げて

% R

以下のコマンドを実行すると，カーネル選択が可能になります．

> install.packages('IRkernel')

> IRkernel::installspec()

Rのモジュール追加は，以下のコマンドで

> install.packages("rstan")

> install.packages("glmnet")

> install.packages("Rcmdr")

> install.packages("sem")

TSSSパッケージのインストールは以下のコマンドで行いました．

> install.packages("TSSS",dependencies=TRUE)

すると，以下のように表示されます．

URL 'https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/big-sur-x86_64/contrib/4.3/TSSS_1.3.4-5.tgz' を試しています 

Content type 'application/x-gzip' length 571089 bytes (557 KB)

==================================================

downloaded 557 KB

 ダウンロードされたパッケージは、以下にあります 

  /var/folders/jr/fjfjm7ld7rqg6x1cq68lvnsh0000gn/T//RtmpV23JlN/downloaded_packages 

インストールが上手くいったかどうかのチェックは以下のコマンドで確認しました．

> library(TSSS)

> data(HAKUSAN)

> plot(HAKUSAN[,c(1,3)],main="")

これで，以下の図が描かれたらOK（でしょうか）．

Pythonは以前のようにデフォルトでインストールされているPython3を使おうと思いましたが，パッケージのインストール等が上手くいかなかったため，Anacondaをインストールしました．

この原因は不明です...．

Anaconda環境なので，パッケージのインストールはターミナルから下記のコマンドで行います．

% conda install パッケージ名

macOSのターミナルの表示の変更

ターミナルを開くと，以下のようにユーザー名，ホスト名が表示されてなんとなく煩わしく感じます．

ユーザー名@ホスト名 ~ %

これを簡潔に表示されるように変更します．今回は以下のように表示されるように設定します．

~ % 

現在の表示の確認は，以下のように行います．

% echo $PS1            

%n@%m %1~ %# 

以下のコマンドを実行してShellを確認します．

% echo $SHELL

/bin/zsh

この例では，macOS(Ventura 13.6.4）なので zsh になります ．

ターミナルから以下のコマンドを実行して，エディタで .zshrc ファイルを開きます．

% open .zshrc   

テキストエディタが開いたら，以下を追記して保存します．

    export PS1="%1~ %# "

改めてターミナルを開くと，以下のような表示になっているはずです．

~ %               

元に戻すときは，.zshrcファイルを開いて，記述した部分を削除してターミナルを再起動すれば元に戻ります．

上手くいかない場合として".zshrc"が存在しない場合があります．上記のように，エディタで .zshrc ファイルを開くために，"open .zshrc"を実行した際に，以下のような返答があった場合は，".zshrc"が存在しません．

The file /Users/xxx/.zshrc does not exist.

"xxx"にはユーザー名が入ります．

一応，存在するファイルを確認してみるには以下のコマンドを実行します．

% ls -a

存在するファイルが表示されますが，".zshrc"が存在しないという返答が返ってきている場合は，".zshrc"は表示されないはずです．

".zshrc"ファイルを作成するには以下のコマンドを実行します．

% touch .zshrc

返答は返ってきませんが，これで".zshrc"ファイルが作成されるので，上記と同様に

% open .zshrc 

で".zshrc"ファイルを開いて，

    export PS1="%1~ %# "

を追記して保存します．

R へのAIMパッケージのインストール

Windows

1.  こちらのサイトからファイル"AIM_1.01.tar.gz"をダウンロードする．
2. メニュー「パッケージ」から「Install package(s) from local files...」を選択する．
3. 手順1でダウンロードしたファイルを指定し，「開く」を選択する．
4.  library(AIM)と入力し，エラーが表示されなければインストール完了．

macOS

1.  こちらのサイトからファイル"AIM_1.01.tar.gz"をダウンロードする．
2. メニュー"Packages & Data"から"Package Installer"を選択する．
3. "Local Source Package"を選択して"Install"ボタンをクリック．
4. インストールするパッケージを選択するウィンドウが開くので，ダウンロードした"AIM_1.01.tar.gz"を選択する．
5.  library(AIM)と入力し，エラーが表示されなければインストール完了．

WIndows 11 でのTeX環境のセットアップ

こちらのサイトからTeXLiveをダウンロードしてインストールを行います．

ダウンロードするファイルは"install-ti-windows.exe"という実行ファイルで，ダウンロード後にダブルクリックで起動します．基本的に，"Next"や"Install"や「インストール」をクリックするだけですが，私の場合は，TeXWorksもインストールしたいので，以下の画面のところでは，「TeXWorksをインストール」にチェックを入れました．

この「インストール」ボタンをクリックするとダウンロード，インストールが始まります．終了までには結構な時間がかかります（1時間くらい）．以下のように，TeX Liveへようこそ! というウィンドウが表示されたらインストールは完了です．