macOS (Ventura 13.6.4)のクリーンインストール

 macOS (Ventura 13.6.4)をクリーンインストールした際のメモです．

Intel MacはCommand⌘+R+電源ボタンを押して再起動してからでィスクユーティリティを使ってクリーンインストールをしましたが，シリコン Mac（M1 mac mini）は以下の手順でクリーンインストールしました．Intel Macと同じようにディスクユーティリティを使ってディスクの消去を行うと，立ち上がらなくなるという情報がネットで見受けられますが，真偽のほどは不明です．

まずは，電源ボタンを押し続けて，Optionが表示されたら，電源ボタンから手を離します．

• Option選択
• 管理者ユーザーが表示されたらApple IDでログイン（パスワード入力）
• 復旧ユーティリティ画面が表示されるが，画面上のメニューバーからターミナルを選択して立ち上げ，以下のように"resetpassword"と入力してreturn．

-bash-3.2# resetpasswod     

• Reset Password という画面が立ち上がり，メニューバーに"Recovery Assistant"という項目が表示される．
• Recovery Assistantから"Erase Mac..."を選択して，画面に表示されている"Erase Mac..."（青字）をクリックします．本当に消去しても良いかと聞いてくるので，再度"Erase Mac"をクリックします．
• 言語選択，ネット接続を行った後に，アクティベーションロック解除のためにApple IDでログインします．
• 上記の事柄が終了すると，OSの再インストールに移ります．今回は"Reinstall macOS Ventura"を選択すると再インストールが始まります．
• 
  

インストールしたアプリケーションは以下の通りです．今回は，Octave，Julia等のインストールは保留にしました（多分，そのうちインストールするとは思いますが...）．

• Anaconda
• Microsoft Visual Srudio Code
• Evernote
• Microsoft Excel
• Adobe Acrobat
• gnuplot
• Jupyter Notebook, Lab.
• Homebrew
• Adobe Illustrator
• iMovie
• LaTeXiT
• LINE
• Messenger
• mi
• Python のモジュール追加
• QGIS
• Adobe Photoshop
• Microsoft Power Point 
• R Studio
• Microsoft Teams
• TeXShop
• Microsoft Word
• Zoom

Homebrewのインストールの際には，PATHを通さなければなりません．インストールが完了すると，Next steps ということで以下のように記載されています．

==> Next steps:

- Run these two commands in your terminal to add Homebrew to your PATH:

    (echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/hidehikomurao/.zprofile

    eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"

環境によってPATHは異なるようですが，ここでは、上記の記載に従って以下の2つコマンド実行でパスを通しました．

% (echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/hidehikomurao/.zprofile 

% eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"

Jupyter環境の設定で躓いたので，その際のメモです．

これまでは，pip3を使って，以下のコマンドでインストールしていました．

% pip3 install Jupyter     

今回も，同じようにインストールして，以下のコマンドで起動しようとしたところ...

% jupyter notebook        

Jupyterが見つからないという返答が返ってきます．当然，以下のようにバージョンを聞いてもダメです...

% jupyter --version      

おそらく，パスが通っていないという問題なのだろうかと思いつつも，bashなどは苦手なので...Homebrewでインストールしてみることにしました．

% brew install jupyterlab        

サクサクとインストールが進みます．

インストールが終わったので，立ち上げてみます．

% jupyter lab                    

ちゃんと立ち上がりました...．

GCCも入れておきます．

~ % brew install gcc

なお，Rも使えるようにするには，HomebrewでRをインストールして

% brew install r --cask

Rを立ち上げて

% R

以下のコマンドを実行すると，カーネル選択が可能になります．

> install.packages('IRkernel')

> IRkernel::installspec()

Rのモジュール追加は，以下のコマンドで

> install.packages("rstan")

> install.packages("glmnet")

> install.packages("Rcmdr")

> install.packages("sem")

TSSSパッケージのインストールは以下のコマンドで行いました．

> install.packages("TSSS",dependencies=TRUE)

すると，以下のように表示されます．

URL 'https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/big-sur-x86_64/contrib/4.3/TSSS_1.3.4-5.tgz' を試しています 

Content type 'application/x-gzip' length 571089 bytes (557 KB)

==================================================

downloaded 557 KB

 ダウンロードされたパッケージは、以下にあります 

  /var/folders/jr/fjfjm7ld7rqg6x1cq68lvnsh0000gn/T//RtmpV23JlN/downloaded_packages 

インストールが上手くいったかどうかのチェックは以下のコマンドで確認しました．

> library(TSSS)

> data(HAKUSAN)

> plot(HAKUSAN[,c(1,3)],main="")

これで，以下の図が描かれたらOK（でしょうか）．

Pythonは以前のようにデフォルトでインストールされているPython3を使おうと思いましたが，パッケージのインストール等が上手くいかなかったため，Anacondaをインストールしました．

この原因は不明です...．

Anaconda環境なので，パッケージのインストールはターミナルから下記のコマンドで行います．

% conda install パッケージ名