R 二項分布

R のpbinom() 関数を使うと確率質量関数の総和を計算することができます．例えば，下式の計算をしたい場合には

以下のようにします．

> pbinom(0, 100, 0.00720, lower.tail=FALSE)

[1] 0.5145138

引数kよりも大きい値における総和を求めたい場合は，lower.tail を FALSE に設定します．k 以下の値における総和を求めたい場合は，lower.tailをTRUE に設定します（または省略でも可）．

2番目の引数は二項分布におけるパラメータ n

3番目の引数は観察される確率，二項分布におけるパラメータ p

R 二項係数

 R でn個のものの中からk個を選ぶ方法が何通りあるか？すなわち，二項係数を計算するには

> choose(n, k)

のように choose() 関数を使います．

例として，3個から2個を選ぶ組み合わせを求めるには

> choose(3, 2)

[1] 3

となり，3通りであることを求めることができます．

R Stan のインストール

R Stanをインストールした際のメモです．

 Rでrstanパッケージをインストールするために，R環境（R，RStudio，ESSなど）で次のように打ち込む．

install.packages("rstan")

これでインストールは終わり．

あとは，次のようにしてRに読み込む．

library(rstan)

この後で，一般には次のような設定をすることが推奨されています．

rstan_options(auto_write=TRUE)             # コンパイルした結果を保存する
options(mc.cores=parallel::detectCores())  # 複数コアを使う（メモリが十分にある場合）