M1マックにmacOS(Sequoia)をクリーンインストールした際のメモ

 M1マックにmacOS(Sequoia)をクリーンインストールした際のメモです．参考になるAppleの公式ページはこちら．

Apple Silicon 搭載マックでは，以前のように再起動時に "command⌘ + R" を長押しするのではなく，再起動時に電源ボタンを長押しするとディスクユーティリティが起動します．

ユーティリティの一覧が表示されたら「ディスクユーティリティ」を選択して「続ける」をクリックします．

ディスクユーティリティのサイドバーの「内蔵」セクションで「Macintosh HD」という名前のボリュームが表示されていることを確認して，サイドバーで「Macintosh HD」を選択します．

ツールバーの「消去」ボタンをクリックして，名前（Macintosh HD）とフォーマット（APFS）を指定します（ここは設定を変更せずにそのままとしました）．

「消去」をクリックします。「ボリュームグループを消去」が代わりに表示される場合は、このボタンをクリックします．

ハードディスクの内容が消去されたあとは，購入時のOSをインストールすることになるので，それを選択して，終了後に最新のOS（今回は Sequoia ）にアップグレードしました．

OS (Sequoia) のクリーンインストール後にインストールしたアプリケーションは，以下です．

• Adobe Creative Cloud https://x.gd/u5xXk からインストーラーをダウンロード
• App Cleaner https://freemacsoft.net/appcleaner/ からインストーラーをダウンロード
• Evernote https://evernote.com/ja-jp/download からインストーラーをダウンロード
• Google Chrome https://x.gd/KgOIk からインストーラーをダウンロード
• Discord https://discord.com/download からインストーラーをダウンロード
• Homebrew - gnuplot, Julia, Jupyter Notebook, LaTeXiT, Octave, R Studio, TeX Shop. 
• iMovie App Store からインストール
• Keynote App Store からインストール
• LINE https://www.line.me/ja/download からインストーラーをダウンロード
• Messenger https://www.messenger.com/desktop からインストーラーをダウンロード
• mi https://www.mimikaki.net/ からインストーラーをダウンロード
• Microsoft 365
• R CRANからインストーラーをダウンロード
• R Studio RStudioのダウンロードサイトからインストーラーをダウンロード
• Teams
• Visual Studio Code https://code.visualstudio.com/download からインストーラーをダウンロード（Visual Studio Code のExtensionはとりあえず fortran, Gnuplot, Julia, Octave, Pythonの5つにしました．）
• Zoom https://zoom.us/ja/download からインストーラーをダウンロード

これらのアプリケーションのうち，Homebrew経由でインストールしたものに関して，以下にメモを残します．

まずは，Homebrewのインストールですが，公式サイトにあるように以下のターミナルからコマンドを実行します．

% /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

この後に，以下のようにPathを通すと"brew"コマンドが使用できるようになります．以下の例はPathを通した後に，Homebrewのバージョンを確認した例です．

% echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"' >> /Users/(username)/.zprofile

% eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"

% brew -v

Homebrew 4.4.32

上記の1行目のコマンドの (username) にはアカウントのユーザー名が入ります．

gnuplot のインストール

% brew install gnuplot

Julia のインストール

ターミナルから以下のコマンドを実行します．

% brew install --cask julia

インストールが終了したら，パッケージモード（"]"キーを押す）に切り替えて，以下のパッケージをインストールしておきます．

(@v1.11) pkg> add IJulia

(@v1.11) pkg> add CSV

(@v1.11) pkg> add Combinatorics

(@v1.11) pkg> add DataFrames

(@v1.11) pkg> add Distributions

(@v1.11) pkg> add JuMP

(@v1.11) pkg> add Plots

(@v1.11) pkg> add PyCall

(@v1.11) pkg> add PyPlot

(@v1.11) pkg> add RDatasets

(@v1.11) pkg> add StatsBase

(@v1.11) pkg> add StatsPlots

(@v1.11) pkg> add SumOfSquares

(@v1.11) pkg> add Statistics

(@v1.11) pkg> add Gadfly

(@v1.11) pkg> add LinearAlgebra

(@v1.11) pkg> add Optim

インストールされているパッケージを確認するには"status"コマンドを使用します．

(@v1.11) pkg> status

Jupyter Notebookのインストール

j% brew install jupyter

インストールが完了したら，以下のコマンドでJupyter Notebookを立ち上げてみます．

% jupyter notebook

先述の「Juliaのインストール」のところで示した"IJulia"パッケージがインストールされているとJupyter Notebook の右上の"New"ボタンを押すと，以下のようにJuliaが選択できるようになっているはずです．

Octave のインストール

Command Line Toolsがインストールされているとは知りつつも，一応確認しておきます．

% sudo xcode-select --install

Password:

xcode-select: note: Command line tools are already installed. Use "Software Update" in System Settings or the softwareupdate command line interface to install updates

最新版をインストールしたばかりなのですが，一応確認しておきます．

% brew update

==> Updating Homebrew...

Already up-to-date.

これまた同様に，一応確認です．

% brew upgrade

続いて Octave のインストールを行います．

% brew install octave

ズラズラとインストールが始まり，終了したら，Ocrave を立ち上げてみます．

% octave --gui

今回のインストールでは，以前の投稿で生じたエラー（.config フォルダ内に octave フォルダが存在しないという内容）は出ませんでした．

R のインストール

今回は，インストーラーパッケージを使用してインストールしました．Homebrew経由でインストールするには，以下のコマンドを実行します．

% brew install --cask r

XQuartzのインストールは，以下のコマンドを実行します（いまだにXQuartzが必要なのかどうかはわかりませんが...）．

% brew install --cask xquartz                           

R Studio のインストールは，以下のコマンドを実行します．

% brew install --cask rstudio                           

TeX Shop のインストール

ターミナルから以下のコマンドを実行します．

% brew install --cask mactex

ちなみに，GUIが不要な場合は以下のコマンドを実行します．

% brew install --cask mactex mactex-no-gui

インストールが終了したら，GUIの要，不要に関わらず，パスを確認しておきます．以下のコマンドを実行して，/Library/TeX/texbin が含まれていることを確認します．

% echo $PATH

/Library/TeX/texbin

パスなので，色々と書かれていますが，/Library/TeX/texbin が書かれていれば，大丈夫です．

含まれていない場合は，以下のコマンドを実行してパスを追加します．

% echo 'export PATH="/Library/TeX/texbin:$PATH"' >> ~/.zshrcsource ~/.zshrc

macOS Sequoia にアップデートした際のメモ

 macOS を Sequoia にアップデートしたのでその際のメモです．

インストールしたのは以下のアプリ

AppCleaner 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Pages
Numbers
Keynote
TeX 〜Homebrew経由でインストール〜
Visual Studio Code 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Zoom 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Teams 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Homebrew 〜公式ページにあるコマンドを実行してインストール 以下に注意点 1.〜
gnuplot 〜Homebrew経由でインストール 以下に注意点 2.〜

Jupyter 〜Homebrew経由でインストール〜
Julia 〜Homebrew経由でインストール〜
RStudio 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Evernote 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
Adobe Creative Cloud 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
iMovie
mi 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
PrimeVideo 〜App Storeからインストール〜
Discord 〜公式ページからインストーラーをダウンロードしてインストール〜
LINE 〜App Storeからインストール〜
Messenger 〜App Storeからインストール〜

昔はもっと色々とインストールしていましたが，もう，このくらいでいいや...という感じにしてみました．以下の「つまづいた箇所・変更した箇所」以外は，macOS Big Sur をインストールした際と同じ感じでいけました．

つまづいた箇所・変更した箇所
注意点 1. Homebrew
公式ページからインストールのコマンドをコピーして実行して，インストールが終了したのちに，以下のように"brew"コマンドを受け付けてくれないというトラブルが発生しました．

% brew --version

zsh: command not found: brew

そこで，パスを通すために，ターミナルから以下のコマンド

% (echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/user/.zprofile

を実行したら，brew コマンドを受け付けてくれるようになりました．なお，上記のコマンドの"user"にはログインしているユーザー名が入ります．brew コマンドを受け付けてくれるようになった様子は以下のような感じです．

% brew update

==> Updating Homebrew...

Already up-to-date.

% brew --version

Homebrew 4.4.20

Julia
公式ページには，以下のコマンドを実行するようにとあります．

% curl -fsSL https://install.julialang.org | sh

しかし，Homebrew経由で以下のコマンドを実行することでインストールしました．

% brew install --cask julia

以下のコマンド実行は必要ないかもしれないのですが，一応，実行しておきます．

% sudo xcodebuild -license accept

Password:

xcode-select: error: tool 'xcodebuild' requires Xcode, but active developer directory '/Library/Developer/CommandLineTools' is a command line tools instance

ターミナルから julia と実行すると，無事立ち上がりました．

% julia

               _

   _       _ _(_)_     |  Documentation: https://docs.julialang.org

  (_)     | (_) (_)    |

   _ _   _| |_  __ _   |  Type "?" for help, "]?" for Pkg help.

  | | | | | | |/ _` |  |

  | | |_| | | | (_| |  |  Version 1.11.3 (2025-01-21)

 _/ |\__'_|_|_|\__'_|  |  Official https://julialang.org/ release

|__/                   |

julia> 

続いてJupyter Notebook環境に接続していきます．以下のコマンドを実行します．

julia> using IJulia

julia> notebook()

初回は，y/n で聞いてきますが，y と答えればOKです．インストールが完了すると，Jupyter Noteboookが起動します．これ以降は，Juliaを立ち上げた後に上記の二つのコマンドを実行すればJupyter Notebookが立ち上がります．

macOS (Ventura 13.6.4)のクリーンインストール

 macOS (Ventura 13.6.4)をクリーンインストールした際のメモです．

Intel MacはCommand⌘+R+電源ボタンを押して再起動してからでィスクユーティリティを使ってクリーンインストールをしましたが，シリコン Mac（M1 mac mini）は以下の手順でクリーンインストールしました．Intel Macと同じようにディスクユーティリティを使ってディスクの消去を行うと，立ち上がらなくなるという情報がネットで見受けられますが，真偽のほどは不明です．

まずは，電源ボタンを押し続けて，Optionが表示されたら，電源ボタンから手を離します．

• Option選択
• 管理者ユーザーが表示されたらApple IDでログイン（パスワード入力）
• 復旧ユーティリティ画面が表示されるが，画面上のメニューバーからターミナルを選択して立ち上げ，以下のように"resetpassword"と入力してreturn．

-bash-3.2# resetpasswod     

• Reset Password という画面が立ち上がり，メニューバーに"Recovery Assistant"という項目が表示される．
• Recovery Assistantから"Erase Mac..."を選択して，画面に表示されている"Erase Mac..."（青字）をクリックします．本当に消去しても良いかと聞いてくるので，再度"Erase Mac"をクリックします．
• 言語選択，ネット接続を行った後に，アクティベーションロック解除のためにApple IDでログインします．
• 上記の事柄が終了すると，OSの再インストールに移ります．今回は"Reinstall macOS Ventura"を選択すると再インストールが始まります．
• 
  

インストールしたアプリケーションは以下の通りです．今回は，Octave，Julia等のインストールは保留にしました（多分，そのうちインストールするとは思いますが...）．

• Anaconda
• Microsoft Visual Srudio Code
• Evernote
• Microsoft Excel
• Adobe Acrobat
• gnuplot
• Jupyter Notebook, Lab.
• Homebrew
• Adobe Illustrator
• iMovie
• LaTeXiT
• LINE
• Messenger
• mi
• Python のモジュール追加
• QGIS
• Adobe Photoshop
• Microsoft Power Point 
• R Studio
• Microsoft Teams
• TeXShop
• Microsoft Word
• Zoom

Homebrewのインストールの際には，PATHを通さなければなりません．インストールが完了すると，Next steps ということで以下のように記載されています．

==> Next steps:

- Run these two commands in your terminal to add Homebrew to your PATH:

    (echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/hidehikomurao/.zprofile

    eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"

環境によってPATHは異なるようですが，ここでは、上記の記載に従って以下の2つコマンド実行でパスを通しました．

% (echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/hidehikomurao/.zprofile 

% eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"

Jupyter環境の設定で躓いたので，その際のメモです．

これまでは，pip3を使って，以下のコマンドでインストールしていました．

% pip3 install Jupyter     

今回も，同じようにインストールして，以下のコマンドで起動しようとしたところ...

% jupyter notebook        

Jupyterが見つからないという返答が返ってきます．当然，以下のようにバージョンを聞いてもダメです...

% jupyter --version      

おそらく，パスが通っていないという問題なのだろうかと思いつつも，bashなどは苦手なので...Homebrewでインストールしてみることにしました．

% brew install jupyterlab        

サクサクとインストールが進みます．

インストールが終わったので，立ち上げてみます．

% jupyter lab                    

ちゃんと立ち上がりました...．

GCCも入れておきます．

~ % brew install gcc

なお，Rも使えるようにするには，HomebrewでRをインストールして

% brew install r --cask

Rを立ち上げて

% R

以下のコマンドを実行すると，カーネル選択が可能になります．

> install.packages('IRkernel')

> IRkernel::installspec()

Rのモジュール追加は，以下のコマンドで

> install.packages("rstan")

> install.packages("glmnet")

> install.packages("Rcmdr")

> install.packages("sem")

TSSSパッケージのインストールは以下のコマンドで行いました．

> install.packages("TSSS",dependencies=TRUE)

すると，以下のように表示されます．

URL 'https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/big-sur-x86_64/contrib/4.3/TSSS_1.3.4-5.tgz' を試しています 

Content type 'application/x-gzip' length 571089 bytes (557 KB)

==================================================

downloaded 557 KB

 ダウンロードされたパッケージは、以下にあります 

  /var/folders/jr/fjfjm7ld7rqg6x1cq68lvnsh0000gn/T//RtmpV23JlN/downloaded_packages 

インストールが上手くいったかどうかのチェックは以下のコマンドで確認しました．

> library(TSSS)

> data(HAKUSAN)

> plot(HAKUSAN[,c(1,3)],main="")

これで，以下の図が描かれたらOK（でしょうか）．

Pythonは以前のようにデフォルトでインストールされているPython3を使おうと思いましたが，パッケージのインストール等が上手くいかなかったため，Anacondaをインストールしました．

この原因は不明です...．

Anaconda環境なので，パッケージのインストールはターミナルから下記のコマンドで行います．

% conda install パッケージ名

R へのAIMパッケージのインストール

Windows

1.  こちらのサイトからファイル"AIM_1.01.tar.gz"をダウンロードする．
2. メニュー「パッケージ」から「Install package(s) from local files...」を選択する．
3. 手順1でダウンロードしたファイルを指定し，「開く」を選択する．
4.  library(AIM)と入力し，エラーが表示されなければインストール完了．

macOS

1.  こちらのサイトからファイル"AIM_1.01.tar.gz"をダウンロードする．
2. メニュー"Packages & Data"から"Package Installer"を選択する．
3. "Local Source Package"を選択して"Install"ボタンをクリック．
4. インストールするパッケージを選択するウィンドウが開くので，ダウンロードした"AIM_1.01.tar.gz"を選択する．
5.  library(AIM)と入力し，エラーが表示されなければインストール完了．

[R] Jupyter NotebookでRを使う

mac OS とWindowsの場合に分けて，Jupyter NotebookでRが使えるように設定した際のメモです．

mac OSの場合

以前に，mac OSでRをJupyter Notebookで使えるようにする際のメモを投稿していました．
今回は，若干違う方法でも設定できたので，その際のメモです．R がパッケージからインストールされている前提です．

まずは，Rを起動して，以下のコマンドを実行します．

    > install.packages('IRkernel')

すると，以下のようにCRANミラーを聞いてくるので，選択します（どこを選んでも良いですが，日本国内からアクセスするのであれば，Japan を選択すれば良いと思います）．

    --- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

続いて，以下のようにterminal からRを起動します．

xxx ~ % R                                                                                 

続けて，以下のコマンドを実行します．

> IRkernel::installspec()

Jupyter Notebookを起動して[New]ボタンを押すと，以下のように R が選択できるようになっているはずです．

Windowsの場合

Windows(11)の場合は，以下のように設定します（以下は，RとAnacondaがインストールされている前提です）．

まず，Rのアイコンを右クリックして [ファイルの場所を開く] を選択します．そうすると，以下のようなウィンドウが開きます．

このウィンドウ内の"Rgui"を右クリックして[パスのコピー]を選択します．

Anaconda Promptを起動して，以下のように，コピーしたパスを貼り付け，[Enter]キーを押して実行すると R が起動します．

    (base) C:\Users\PC_User>"C:\Program Files\R\R-4.3.2\bin\x64\Rgui.exe"

（上記の"C:\Program ~"が貼り付けた部分になります．Rのバージョンによって記載は変わります．）

Rが起動したら，以下のコマンドを実行します．

    > install.packages('IRkernel')

すると，

    --- このセッションで使うために、CRAN のミラーサイトを選んでください --- 

訪ねてきて，以下のようなウィンドウが開くので，どこかを選択します．

上記の例では，Japanを選んでいます．

続いて，以下のコマンドを実行します．

    > IRkernel::installspec()

ここまでの操作が完了して，Jupyter Notebookを立ち上げると，以下のように "New"ボタンをクリックすると，R が選択できるようになっているはずです．

R グラフ描画

データの特徴を知るために，グラフ描画を行なってみた際のメモです．この内容は， 統計ソフト「R」超入門〈最新版〉  の記載を参考に処理してみた結果です． 

インデックスプロットは，各ケースのインデックスを横軸に，その観測値を縦軸に取ってプロットしたグラフです．インデックスプロットによって，データを全体的にみて，分布の特徴を大まかに捉えたり，外れ値を発見したり，ケースの並びに傾向があるかどうかを知ることができます．

Rでインデックスプロットを作成するには，R Commander のメニューからGraph > Index plot... を選択します．

すると，Index Plot ウィンドウが開きます．Data タブで Variable (pick one or more) の枠からプロットする変数を選択します（ここでは StressResponseScoreを選択）．

Option タブに切り替えて，Plot Options（プロットオプション） の Style of plot （プロットのスタイル）から"Spike（スパイク）"を選びます．必要に応じて Plot Labels（ラベルを表示）に y-axis label（y軸のラベル），Graph title（グラフのタイトル）を指定します．

完成したら，OKボタンをクリックするとグラフが描画されます．

グラフのタイプをpoints（点）にすると，以下のようになります．

ドットプロットは，横軸の変数の該当する値の位置にデータの個数分ドットを上に積み上げて分布をみるためのグラフです．因子の水準別にドットプロットを描くことで，水準間の分布の比較が可能になります．

R Commanderのメニューから Graph > Dot Plot を選ぶとドットプロットウィンドウが現れます．

Variable (pick one) （変数（1つ選別））の枠から，今回はLocusOfControl（健康統制感）を選んで Plot by groups...（層別のプロット）をクリックします．すると，以下のようなウィンドウが開くので，Sex（性別）を選択してOKボタンをクリックします．

このドットプロットでは，by = 1が男性の健康統制感のプロット図で，by=2が女性のプロット図です．この二つを比較すると，健康統制感には男女で大きな違いはないように感じます．