MacTeXをアンインストールする

Homebrew 経由でMacTeXをアンインストールする際には，以下のコマンドを実行します．

% brew uninstall mactex --cask

すると，以下のような表示になります．

==> Uninstalling Cask mactex

==> Uninstalling packages with sudo; the password may be necessary:

==> Removing files:

/Applications/TeX

Password:

/etc/manpaths.d/TeX

/etc/paths.d/TeX

/Library/TeX

/usr/local/texlive/2023

==> Purging files for version 2023.0314 of Cask mactex

上記の "brew cask uninstall mactex"コマンドでも，以下の３つは削除されないので手動で消去する必要があります．

• /usr/local/texlive/texmf-local/
• ~/Library/texlive/
• ~/Library/TeXShop/

macOS Big Surをクリーンインストールした後のセットアップ

 昨日まで，Octaveのインストールなどをやってみていましたが，macOS Big Surをクリーンインストールしました．

それに伴って，アプリケーション等を改めてインストールした際のメモです．

クリーンインストールが終わった後にはTerminalのセッティングをしました．

Terminal > Preferences... で"Homebrew"をDefaultに設定した上で，"Text"タブでBackgroundのColor & EffectsのOpacityを90％に，FontをMenlo Regular 13pt.に，Textの色をTurquoiseに，Bold Textの色をLimeに変更しました．Windowタブでは，Window SizeのColumnsを100に設定しました．

Homebrewをインストールしました．Terminalから以下のコマンドを実行するとインストールが始まります．以前は，先にXCodeのCommand Line Toolをインストールしていましたが，Homebrewのインストールログを見ていると，自動でCommand Line Toolもインストールしてくれているようです．

% /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

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gnuplotをインストールしました．

% brew install gnuplot

以前のようにX11 や aquaterm のインストールは不要となっていて，qt で描画します．

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TeXをインストールしました．TeXのインストールに関しては，以前の投稿が詳しいですが，入力したコマンドを以下に示します．

% brew install mactex --cask

上記のコマンドではTeXShopも一緒にインストールされるので，インストール完了後にTeXShopを立ち上げてTeXShop Preferenceから，右下にある"Set Default Value"からpTeX（ptex2pdf）を選びました．以下のコマンドの実行は必要ないかもしれませんが，一応，実行しておきます．

% defaults write TeXShop FixLineNumberScroll NO

% defaults write TeXShop SourceScrollElasticity NO

% defaults write TeXShop FixPreviewBlur YES

以前はAnacondaやMinicondaをインストールしてJupiter Notebookを使っていましたが，macOSには元々Python がインストールされているので，それを使うこととして，Jupyter のみをインストールすることにします．

% pip3 install jupyter

ちなみに...ですが，入力ミスをすると，以下のように注意してくれます．有難い．

% pip3 instal jupyter

CommandNotFoundError: No command 'conda instal'.

Did you mean 'conda install'?

 Jupyterのみをインストールしてみたは良いものの，Pythonは入っていたよな...と一応確認してみました．

% python3 --version

Python 3.9.2

入っていました．よかった...．

Juliaをインストールします．こちらはHomebrewから brew cask install julia としてインストールしようと思ったのですが，下記のようにエラーが出てしまったので，Juliaのページから.dmgパッケージ（LTS）をダウンロードしてインストールしました．

% brew cask install julia

Error: Unknown command: cask

パッケージからインストールしたJuliaはver. 1.0.5 だったので，以下のようにパスを通します．

% echo "export PATH=${PATH}:/Applications/Julia-1.0.app/Contents/Resources/julia/bin" >> .zshrc

以前は，以下のようなエイリアスを登録することでも大丈夫でしたが，今回は試していません．

$ echo "alias julia='/Applications/Julia-1.0.app/Contents/Resources/julia/bin/julia'" >> .bash_profile

これで，以下のようにターミナルからJuliaを起動することができるようになりました．

% Julia

               _

   _       _ _(_)_     |  Documentation: https://docs.julialang.org

  (_)     | (_) (_)    |

   _ _   _| |_  __ _   |  Type "?" for help, "]?" for Pkg help.

  | | | | | | |/ _` |  |

  | | |_| | | | (_| |  |  Version 1.0.5 (2019-09-09)

 _/ |\__'_|_|_|\__'_|  |  Official https://julialang.org/ release

|__/                   |

julia> exit()

Jupiter Notebookでも使いたいので，以下のようにJulia pkgをインストールします．"]"を押すと以下のようなpkg モードに切り替わります．pkgモードからはdeleteで抜けることができます．

(v1.0) pkg> add IJulia

ターミナルから以下のようにJupyter Notebookを立ち上げて，PythonとJuliaが選択できるようになっていればオッケーです．

hide@MBP ~ % Jupyter

macOSにオクターブをインストール（GUI版）

 昨日の投稿で，CUI版のインストールを行なったものの，Control pkg をインストールすることができなかったので，敢えなく断念してアンインストールしました．

今回はGUI版のインストールについてのメモです．

まずはOctave.appのダウンロードページから.dmgファイルをダウンロードします．ダウンロードを行なった時点では，以下の画像のように 6.1.0 が最新バージョンでした．

.dmgファイルをダウンロードしたあとはダブルクリックするとウィンドウが開いて，Octaveアイコンをアプリケーションフォルダに移動させるように促されるので，その通りにします．

Octave-6.1.0のアイコンをクリックすると，GUIが立ち上がります．

まずは，コマンドウィンドウに以下のように入力してcontrol pkgをインストールします．

        >> pkg install -forge control

ズラズラと流れますが，エラーが出なければインストール成功です．

続いて以下のように入力してsignal pkgをインストールします．

        >> pkg install -forge signal

これまたズラズラと流れて，エラーが出なければインストール成功です．

そして，以下のようにsignal pkgをロードしてみて無反応（次の行に >> と表示されて入力を促される）であれば，（多分）インストール成功です．

        >> pkg load signal

        >>

一応確認のために，昨日と同じサインカーブを書いてみます．コマンドウィンドウに以下のように入力すると

        >> x = -2*pi:0.1:2*pi;

        >> y = sin(x);

        >> plot(x, y);

下図のようなサインカーブが描かれました．

インストールは成功していて，使うにあたっても問題ないものと思われます．

macOSにオクターブをインストール（CUI版...最終的には失敗）

だいぶん長いことOctaveは使っていなかったのですが，改めて使う機会があったので，改めて macOSにオクターブをインストールした時のメモです．

HomebrewでインストールされるOctaveはCUI版ですが，これは推奨されていないという噂もあるそうですが，Octave for macOSのページには，そのような記載はないので，Octave for macOSのページにあるように，Homebrew経由でインストールして見ます．

XcodeのCommand Line ToolsとHomebrewがインストールされていることが前提ですが，もしインストールされていない場合は，Command Line Toolsはターミナルから以下のようにしてインストールします．

% sudo xcode-select --install

Homebrewは，以下のコマンドでインストールされます．

% /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

まずは，Octaveのインストールの前にHomebrewをアップデートします．

% brew update

続けてOctaveをインストールします．

% brew install octave

ズラズラとインストールが始まり，インストールの完了までにはそこそこの時間がかかります．

ターミナルでいかにように"Octave"と入力すると起動します．

% Octave

GNU Octave, version 6.2.0

Copyright (C) 2021 The Octave Project Developers.

This is free software; see the source code for copying conditions.

There is ABSOLUTELY NO WARRANTY; not even for MERCHANTABILITY or

FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  For details, type 'warranty'.

Octave was configured for "x86_64-apple-darwin20.3.0".

Additional information about Octave is available at https://www.octave.org.

Please contribute if you find this software useful.

For more information, visit https://www.octave.org/get-involved.html

Read https://www.octave.org/bugs.html to learn how to submit bug reports.

For information about changes from previous versions, type 'news'.

試しに以下のように入力してみます．

octave:1> x=-2*pi:0.1:2*pi;

octave:2> y=sin(x);

octave:3> plot(x, y);

以下のような図が表示されたらインストールは成功です．

ここまでは良かったのですが，signal パッケージをインストールしようとすると，control パッケージが必要だと言われ，controllパッケージをインストールしようとすると上手くいきません....

困りました．

結構な格闘を続けたものの，control pkgをインストールできず，GUI版をインストールすれば，アラートが沢山出るものの，パッケージをインストールすることができたので，残念ながら，CUI版はアンインストールすることにします...

Octaveのアンインストールは，依存関係の有るライブラリーを全てアンインストールする必要があるとのことなので，まずはbrew-rmtreeを有効化します．

% brew tap beeftornado/rmtree

続けてアンインストールを行います．

% brew rmtree octave

ズラズラと流れて，アンインストール完了です．

GUI版のインストールについては明日の投稿でメモしておきます．

macOSにGMTをインストール

 macOSにGMT（ver 6.1.1）をインストールした際のメモです．

まずはgithubからGMTのインストーラーをダウンロードします．GMTはgithub内のGenericMappingTools / gmt というページにあります．このインストールを行った時点ではver 6.1.1が最新版でした．

macOSなので，専用のインストーラー（今回はgmt-6.1.1-darwin-x86_64.dmg）をダウンロードします．そして，インストーラをダブルクリックするとGMTのアイコンをApplicationフォルダに入れるように促すウィンドウが開くので，アイコンをApplicatrionフォルダにドロップします．

コピーが終わるとApplicationフォルダにGMTのアイコンが現れるので，アイコンをクリックして起動します．アラートが出た場合は，Security&Privacyから，許可して起動します．

軌道に成功すると以下のようなターミナルが開きます．

Last login: Fri Mar 12 21:43:06 on console

$ /bin/bash "/Applications/GMT-6.1.1.app/Contents/MacOS/GMT-6.1.1" GMT_PROMPT

GMT - The Generic Mapping Tools, Version 6.1.1 [64-bit] [MP] [8 cores]

(c) 1991-2020 The GMT Team (https://www.generic-mapping-tools.org/team.html).

Supported in part by the US National Science Foundation (http://www.nsf.gov/)

and volunteers from around the world.

GMT is distributed under the GNU LGPL License (http://www.gnu.org/licenses/lgpl.html).

Dependencies: netCDF, GDAL, PCRE, FFTW, LAPACK, ZLIB, Ghostscript, GraphicsMagick, FFmpeg.

usage: gmt [options]

       gmt <module name> [<module-options>]

options:

  --help            List descriptions of available GMT modules.

  --new-script[=L]  Write GMT modern mode script template to stdout.

                    Optionally specify bash|csh|batch [Default is current shell].

  --new-glue=name   Write C code for external supplements to glue them to GMT.

  --show-bindir     Show directory with GMT executables.

  --show-citation   Show the most recent citation for GMT.

  --show-classic    Show all classic module names.

  --show-cores      Show number of available cores.

  --show-datadir    Show directory/ies with user data.

  --show-dataserver Show URL of the remote GMT data server.

  --show-doi        Show the DOI for the current release.

  --show-library    Show path of the shared GMT library.

  --show-modules    Show all modern module names.

  --show-plugindir  Show directory for plug-ins.

  --show-sharedir   Show directory for shared GMT resources.

  --show-userdir    Show full path of user's ~/.gmt dir

  --version         Print GMT version number.

if <module-options> is '=' we call exit (0) if module exist and non-zero otherwise.

Note 1: If you want to use GMT outside of this terminal or in scripts, then follow these steps:

        a) export GMTHOME=/Applications/GMT-6.1.1.app/Contents/Resources

        b) add $GMTHOME/bin to your path

        c) export PROJ_LIB=$GMTHOME/share/proj

        d) export MAGICK_CONFIGURE_PATH=$GMTHOME/lib/GraphicsMagick/config

Note 2: GMT may use Ghostscript, GraphicsMagick, FFmpeg, and GDAL executables; see

        /Applications/GMT-6.1.1.app/Contents/Resources/share/Licenses for details.

まずは，インストールされているGMTのバージョン確認をしてみます．

bash-3.2$ gmt --version

6.1.1

GMTのスクリプトを書くときにはどんなエディタでも構いませんが，とりあえず，VSCodeで書くことにします．VSCodeのGMT用にハイライトをしてくれるプラグインは，こちらにしました．

続いて，地形図のデータをダウンロードします．地形図データはNOAAのサイトからダウンロードします．

このサイトのETOPO1 Bedrock: Grid of Earth's surface depicting the top of the Antarctic and Greenland ice sheets.  grid registrated: netCFDをクリックしてます．なお，Bedrockの上にあるIce Surfaceの方は，南極などの氷床面を含めたデータです（元の容量が282MBで，回答すると933.5MBになります．このファイルのダウンロードには時間がかかる場合があります）．

存在しないJupyter NotebookのKernelを削除

 Jupyter Notebokで古いKernel情報が残ってしまうことがあります．自分の例では，Julia 1.5をインストールして，Julia 1.3をアンインストールしたところ，アンインストールしてしまっているにも関わらず，Jupyter NotebookのプルダウンでJulia 1.3が選べる状態になっているというものです（実際に選ぶとKernel errorになりますが）．

何となく気持ちが悪いので，Jupyter Notebookのカーネルを削除しておこうと思った時のメモです．

以下の例のように，ターミナルから登録済みのJupyterのカーネルを確認します．

% jupyter kernelspec list

Available kernels:

  ir           /Users/hide/Library/Jupyter/kernels/ir

  julia-1.3    /Users/hide/Library/Jupyter/kernels/julia-1.3

  julia-1.5    /Users/hide/Library/Jupyter/kernels/julia-1.5

  python3      /usr/local/share/jupyter/kernels/python3

今回は，Julia-1.3 を削除したいので，以下のようにコマンドを実行します．

% jupyter kernelspec uninstall julia-1.3  

Kernel specs to remove:

  julia-1.3           /Users/***/Library/Jupyter/kernels/julia-1.3

Remove 1 kernel specs [y/N]: y

[RemoveKernelSpec] Removed /Users/***/Library/Jupyter/kernels/julia-1.3

これでJupyter notebookのプルダウンに，削除したカーネル（上記の例では Julia-1.3 ）が表示されなくなります．